У 1795 році відбувся третій поділ Польщі і Волинь повністю була приєднана до Російської імперії. Цього ж року у складі Мінської єпархії утвореноЖитомирське вікаріатство із центром у м. Острог та дозволено заснувати єпаршу семінарію, яку керуючий вікаріатством єпископ Варлаам (Шишацький) відкрив у 1796 році. Як архієрейський дім із консисторією, так і семінарія розмістилися в Острозькому, Свято-Преображенському монастирі де колись знаходилась знаменита Острозька академія. Для семінарії було виділено відповідне приміщення з двадцяти кімнат. Останнім часом воно стояло пусткою і владиці довелося прикласти чимало зусиль для того, щоб привести його до ладу.
В той час, на Волині, дуже гостро відчувалась потреба у місцевих священицьких кадрах. Після тривалого часу утисків та принижень Православна Церква тільки починала повертати втрачені позиції у краї. Люди, з унії, навертались до православ’я, повернено ряд храмів та монастирів, а ось священиків не вистачало. Чимало духовенства прихало із Лівобережної України, але це тільки частково задовольнило потребу в духовних кадрах. Проте, дворічний богословський клас в семінарії відкрився тільки у 1799 році. Тоді ж із філософського класу перших двох найкращих учнів було відправлено у Київську духовну академію. Із резолюції єпископа Варлаама відомо, що викладали у семінарії у цей час випускник Київської духовної академії префект протоієрей Іоанн Стрілецький, ієрей Василь Чумаковський, ієрей Іоанн Черетович та Авраам Яворський.
У 1798 році при семінарії було відкрито катехізичну школу. У 1799 році особливим наказом, при ній, було влаштувано Правління, керувати яким став той самий префект Іоанн Стрілецький. Перший ректор у семінарію був призначений у 1806 році – архімандрит Острозького Преображенського монастиря Авдій. У 1812 році ректором став наступний архімандрит монастиря – Ієронім, а префектом з 1806 року – протоієрей Кипріан Суковський (один із двох посланих у КДА у 1798 році).
У зв’язку зі збільшенням необхідності у священиках, до 1817 року, коли прийнято новий устав семінарії, з неї випускали із правом рукоположення без закінчення вищого – богословського класу, а то й ще перед філософським класом.
Уже у 1803 році у Волинській семінарії навчалося 764 учні, з яких 163 – на казенному утриманні. У зв’язку із тим, що коштів катастрофічно не вистачало, Волинсько-Житомирський єпископ Даниїл (Натток-Михайловський) розпорядився за рахунок казни утримувати тільки круглих сиріт. Для більшості батьків дуже важко було заплатити за утримання сина 40 рублів у рік, а також 10 рублів за квартиру та 4 рублі інспектору. Крім того, треба було ще за щось харчуватися і одягатися. У безвиході чимало «бурсаків» втікало додому, префект семінарії пояснював архієрею, що вони «за харчами бігають». Проте, батьки змушені були віддавати дітей на навчання, адже вийшло розпорядження священно-церковнослужителям привозити у семінарію своїх дітей віком 15-19 років.
У перше десятиліття діяльності семінарії в Острозі її закінчили митрополит Санкт-Петербурзький і Новгородський Антоній (Рафальський) та єпископ Отсрозький Єрофей (Лобачевський).
У 1812 році, після вторгнення у Росію військ Наполеона, семінарії було вказано евакуюватися у Полтаву, і незабаром з Острога на чолі з префектом Суковським виїхав обоз у 122 підводи з викладачами та їх сім’ями, а також – семінарським майном та архівом. Але у повітовому м. Кобеляки за 68 верст від Полтави обоз зупинили і повідомили, що через відсутність у Полтаві місця імператор повеліває розмістити її у Кобеляках, підшукавши квартири для викладачів та місця для бібліотеки та архіву. Втім, у Кобеляках теж не було місця для влаштування навчального процесу, а сюди уже направлялися і учні, крім тих, кого було відправлено додому. Після поневірянь на Полтавщині, у квітні 1813 року волиняни отримали право повернутися назад в Острог, куди потрапили тільки 1 червня.
Ще у 1812 році приміщення семінарії в Острозі було пошкоджене вогнем, а у 1821 році сталася ще більша, вже четверта з часу розташування тут Волинської єпархії пожежа, внаслідок якої будівля була майже зовсім знищена. Семінаристи, а їх було, разом із учнями повітового і приходського училищ, понад 700, продовжували збиратися на навчання в обгорілі приміщення. Через природні умови тижнями навчання не проводилося. Шукаючи собі житло, семінаристи винаймали аж 75 квартир у місті. Нарешті, у 1824 році у князя Карла Яблоновського було найнято одинадцятикімнатний будинок, куди перемістилася семінарія, та один із поверхів замку цього ж князя, де розмістили бібліотеку.
Проте, нові приміщення були тісними і незручними, і у 1825 році князь Антоній Яблоновський, який мав дружні відносини з Волинським єпископом Стефаном (Романовським), для архієрейського дому, консисторії та духовної семінарії уступив деякі свої будівлі у м. Аннопіль Острозького повіту (йому належало понад півсотні будівель в Аннополі). Проте, найкращі приміщення отримав архієрей та консисторія, а семінарія розмістилася у конюшнях, в яких навіть не було опалення. Зрозуміло, що такі умови теж були далекими до нормальних, що підтвердила й епідемія холери серед семінаристів у 1831 році.
Нарешті, у 1831 році царським указом було закрито Кременецький ліцей, абсолютна більшість вчителів та вихованців якого виявилися замішаними у польському повстанні. Наступного року приміщення ліцею були куплені духовно-учбовим відомством, але передача їх затягнулася на п’ять років, і тільки у квітні 1836 року семінарія перебралася у Кременець. У 1838 році у Кременець перемістили з Аннополя і повітове та приходське училища.
У зв’язку із великою кількістю учнів (семінарія була найбільшою у Російській імперії) та відсутністю у Кременці нормальних квартир для викладачів та своєкоштних студентів, вже у середині ХІХ ст. постало питання про розбудову Волинської духовної семінарії. Ще у 1867 році Правління семінарії натякнуло, що було б непогано частину семінарії перевести у Житомир, побудувавши там відповідні приміщення. У 1874 році архієпископ Волинський Агафангел (Соловйов) невдало пробував просити у Синоду кошти для будівництва у Кременці семінарського гуртожитку. У цей же час вже готували проекти перебудови існуючих приміщень у Кременці. Незабаром почався збір коштів.
Семінарські корпуси у Житомирі розпочали будувати у 1896 році – у рік урочистого святкування сторічного ювілею ВДС. Нарешті, у 1902 році нові просторі корпуси у Житомирі були зведені і семінарія переїхала у губернське місто, де існувала до 1918 року.
У Кременці залишилося духовне училище, випускники якого переходили на навчання у Волинську духовну семінарію. Таких же єпархіальних духовних училищ на Волині було ще декілька – Милецьке, Клеванське і Житомирське.
За ці 122 роки Волинську духовну семінарію закінчило багато видатних особистостей: уже згадувані архієреї Антоній (Рафальский) та Єрофей (Лобачевський), архієпископ Херсонський і Одеський Дмитрій (Ковальницький), ректори КДА єпископ Сильвестр (Малеванський) та архієпископ Василь (Богдашевський), професори КДА Стефан Сольский, Яким та Маркелін Олесницькі, Венедикт Чехович, а також інші відомі науковці, історики-краєзнавці та богослови.
Окремою славною сторінкою Волинської духовної семінарії є її святі новомученики, які навчалися у Кременці чи Житомирі: митрополит Одеський і Херсонський Анатолій (Грисюк), архієпископ Харківський Олександр (Петровський), єпископ Бежецький Аркадій (Остальський), ключар храму Христа Спасителя у Москві протопресвітер Олександр Хотовицький, протоієрей Мирон Ржепік, протоієрей Олександр Скальский, Микола Варжанський. Викладали у ВДС новомученики єпископ Амвросій (Гудко) – був ректором, митрополит Назарій (Лежава), священик Василь Малахов.
У 1919 році вікарій Волинської єпархії єпископ Кременецький Діонісій (Валединський), який не залишив Кременця під час війни, організував у місті діяльність духовної семінарії. Від навчального закладу у Житомирі, що знаходився під владою більшовиків, у Кременці, зрозуміло, не отримали нічого, тому семінарія фактично створювалася заново, щоправда із залученням певної бази Холмської духовної семінарії, яка затрималася у Кременці, повертаючись з евакуації із Москви.
Діяльність відродженої у Кременці семінарії проходила у нелегких умовах. Польська влада зажадала від навчальних закладів Православної Церкви (семінарій у Кременці і Вільно) провести реформи, які значно збільшували кількість полонознавчих предметів. Після цього семінарія стала державною і утримувалася за рахунок держави. Навчалося у ній декілька сотень юнаків переважно із Волинського воєводства, ректорами здебільшого були вікарні архієреї. Тільки у 1925 році Кременецьку семінарію закінчило 37 вихованців (крім залишених на переекзаменування), а у 1926 році – 40.
Семінарія у Кременці, де завжди переважали українофільські погляди, не задовольняла польську владу, тому у 1934 році розпочато процес її ліквідації – припинено прийняття нових вихованців. Проте, закритою вона була аж у 1939 році – після приєднання Західної України до СРСР.
Освіту у цій семінарії здобуло багато священиків, які ще довго служили не тільки на Волині, але й навіть за океаном. Навчалися тут священномученики Холмські і Підляшські священики Петро Огризенко та Сергій Захарчук. Нині вони зараховані до лику і Волинських святих.
У 1945 році на прохання Патріарха Алексія І радянська влада дозволила відкрити богословсько-пастирські курси з дворічним строком навчання у кількох містах СРСР, серед яких і Луцьк. Організацією курсів у Луцьку зайнявся єпископ Волинсько-Рівненський Миколай (Чуфаровський), який на єпархіальні кошти відремонтував аварійні приміщення біля кафедрального Свято-Троїцького собору, що в оренду єпархії надала міська рада.
Викладацькі кадри з вищою богословською освітою архієрею довелося шукати на місці. Ректором став бувший ректор Віленської духовної семінарії (1925-1939) прот. Микола Тучемський, який служив на Рівненщині. Серед викладачів були прот. Стефан Грушко, прот. Олексій Соколовський, прот. Василь Осташевський, бувший посол до польського сейму Євген Богуславський.
За підсумками вступних екзаменів на курси було зараховано 40 чоловіків, з яких 39 представляло Волинську та Рівненську області, а ще 1 – Тернопільську. За два тижні усіх поділили на два відділення – 12 сильніших хлопців опинилися у першому класі, а 28 слабших у підготовчому. Навчання велося, в основному, українською мовою, але вже за декілька років усі предмети викладалися виключно російською.
Умови навчання у перші повоєнні роки були дуже нелегкі – майже не було ніяких навчальних посібників, нерідко відключали світло, у гуртожитку та столовій не вистачало найнеобхідніших у побуті речей. Семінарія могла забезпечити проживанням та харчуванням меншу частину вихованців, причому більшість продуктів вони мусили привозити із дому самі. Саме через такі побутові труднощі у 1940-і роки у семінарії відбувався досить великий відсів, але ті, хто твердо вирішив здобути богословську освіту, не зважали на жодні перешкоди.
Вже у 1946 році дворічні курси були трансформовані у духовну семінарію з чотирирічним строком навчання, а перший її випуск відбувся у 1948 році, коли ВДС закінчило дев’ятеро вихованців.
Із кожним роком умови навчання у семінарії покращувалися, але виявилося, що найбільшою проблемою є не побутові негаразди, а тиск атеїстичної влади в особі обласного уповноваженого Ради у справах РПЦ. Саме тому у 1948 році звільнено професора Євгена Богуславського, якому не могли пробачити роботу у польському сеймі; викладачів та семінаристів постійно звинувачували у націоналізмі. Не могла адміністрація семінарії нічого вдіяти і з щорічним призиванням до армії частини її вихованців.
Проте, не зважаючи на перепони органів влади, семінарія продовжувала успішно розвиватися. Вже у 1951 році найкращі вихованці були заохочені невеликою премією. Проблема відсутності підручників вирішувалася шляхом роздрукування конспектів, підготованих викладачами.
У 1952 році викладацький склад ВДС став поповнюватися молодими спеціалістами з вищою богословською освітою – саме тоді на роботу у Луцьк був призначений випускник МДА Петро Влодек, який закінчив ВДС у 1948 році. Згодом у рідну духовну школу повернулися ще Олексій Вислоцький, Всеволод Васильцев, Валентин Негода.
У листопада 1952 року єпископом Волинським і Рівненським став владика Палладій (Камінський), з ім’ям якого пов’язаний розквіт семінарії у Луцьку. Великим полегшенням для єпархії стало те, що з 1953 року Волинська духовна семінарія стала утримуватися виключно на кошти Московської Патріархії. Значне збільшення бюджету дало змогу покращити побутові умови для вихованців та їх харчування і забезпечити усіх стипендією у 100 карбованців щомісячно. Харчування стало чотириразовим.
Зважаючи на сприятливі обставини, владика Палладій ініціював капітальний ремонт приміщень семінарії та влаштування двоповерхової прибудови до одного з них. Відтоді будівельні роботи у ВДС не припинялися майже до кінця 1950-их років. В минулому залишилися ті роки, коли частина семінаристів жила на приватних квартирах.
Потужним став семінарський хор, в якому 1954 році брало участь 45 вихованців. Також діяв і власний струнний оркестр, а у 1957 році при семінарії відкрили гурток регентської практики.
У середині 1950-их років Волинська духовна семінарія переживала нечуваний наплив абітурієнтів – 133 у 1955 році, 178 у 1956 році, 121 у 1957 році. У 1956 році серед першокурсників вперше виявилося більше хлопців зі Львівсько-Тернопільської, як із Волинсько-Ровенської єпархії. Усіх вихованців тоді було 135 із 8 єпархій, а у 1957 році – 148 вихованців. За підрахунками адміністрації у ВДС, у цей час понад 60% вихованців були бувшими уніатами із Галичини. Заслужений професор МДА та секретар Учбового Комітету М.П. Доктусов, котрий проінспектував ВДС у 1957 році, зазначив, що Волинська семінарія – найкраща в СРСР після Московської та Ленінградської.
Тим часом посилювалася антирелігійна пропаганда. Влада вимагала від адміністрації семінарії списки її абітурієнтів, а потім проводила з молодими чоловіками відповідну роботу, прагнучи не допустити їх до навчання. Тих, хто все таки поступив, намагалися відірвати від навчання шляхом різних погроз чи заохочень, але майже ніхто на це не вівся.
У 1959 році влада добилася звільнення з посади ректора протоієрея Миколу Тучемського (офіційно – за станом здоров’я), виконувати обов’язки якого став викладач протоієрей Олексій Соколовський. У грудні цього ж року на посаду ректора ВДС Патріархією був призначений архімандрит Мефодій (Мензак).
Отцю Мефодію довелося зіштовхнутися із новим для ВДС видом боротьби проти цієї духовної школи: 9 листопада 1959 року луцький міськкомунгосп сповістив Волинсько-Рівненське єпархіальне управління про те, що з 1 січня 1960 року припиняється оренда обох будинків, які займала семінарія із 1945 року. Слід при цьому зауважити, що єпархія прийняла їх у напівзруйнованому стані і за 15 років у ремонт та реконструкцію будівель вклала таку суму грошей (не рахуючи орендної сплати), яка значно перевищувала балансову вартість аварійних будинків. Владика Панкратій разом із адміністрацією ВДС зумів тільки добитися відстрочення звільнення одного з приміщень до кінця навчального року.
Таким чином, у розпорядженні ВДС залишалися тільки ті споруди, які були зведені за кошти Церкви у 1950-их роках. Проте, семінарія була готова діяти і у таких умовах, хоча у тому, що влада прагне її закрити, шукаючи «законних» підстав, ніхто уже не сумнівався.
У 1960 році владі вже вдалося закрити Ставропольську та Київську духовні семінарії, а Саратовська припинили набір та була ліквідована через рік. У Луцьку ж, незважаючи ні на що, готувалися до нового навчального року, але справжня війна була оголошена абітурієнтам ВДС. Одним із найдієвіших способів недопущення абітурієнта до вступних екзаменів став тиск на парафіяльних священиків, яким погрожували забрати реєстрацію у випадку надання рекомендацій бажаючим навчатися у семінаріях. Чимало таких пастирів, побоюючись за своє майбутнє відмовляли у рекомендаціях, або ж відкликали їх у письмовій формі. А без рекомендації адміністрації семінарій не мали права приймати документів від абітурієнтів. Так у 1960 році вдалося прийняти на навчання тільки 10 першокурсників, з яких до кінця першого навчального півріччя залишилося троє. Крім того, у друкованих виданнях було організовано травлю викладачів та вихованців семінарії.
Шукаючи наступних приводів для тиску на семінарію, органи влади стали стверджувати, що будівництво, яке проводилося для ВДС у 1953-1954 роках, було здійснене з великими порушеннями законодавства, хоча раніше – під час будівництва та протягом усіх років експлуатації побудованих площ – з боку Ради у справах РПЦ чи міськвиконкому не лунало жодного зауваження з цієї причини. «Віднайшовся» привід вилучити і дві автомашини духовної семінарії. Постійно чинився тиск на обслуговуючий персонал, який працював у семінарії.
У серпні 1961року семінарія мусила передати державі ще майже 210 кв. м. приміщень. Незабаром уповноважений заборонив духовенству семінарії служити у кафедральному Свято-Троїцькому соборі. Враховуючи те, що свого храму семінарія не мала, а декілька викладачів не мали власної парафії, це було не припустимим. Цього року всього декілька абітурієнтів зуміли обійти усі перепони і здати екзамени у ВДС, але усіх їх вирішили взяти у другий клас, щоб хоча б його збільшити до семи чоловік. Від першого класу довелося відмовитись.
У серпні 1962 року на місце архієпископа Волинського і Рівненського Панкратія (Кашперука), який пішов на спокій, було призначено ректора ВДС Мефодія (Мензака). Відтак новим ректором семінарії став протоієрей Петро Влодек. Вступної кампанії проведено не було, і у семінарії залишилося 27 вихованців у третьому і четвертому класах.
У 1963 році припинила діяльність і Мінська духовна семінарія, а ось у Луцьку навіть зуміли прийняти чотирьох першокурсників. Перед навчальним роком у ВДС було вилучено ще майже 450 м2. площі, а відзнакою цілого навчального року стала боротьба за прописку першокурсників у Луцьку та організація листів із колгоспів з «вимогами» односельців повернути їх назад у рідне село на роботу.
На превеликий жаль, цей рік став останнім у радянському періоді буття Волинської духовної семінарії. У серпні 1964 року Учбовий Комітет, звичайно за вказівками влади, прийняв рішення про закриття ВДС (злиття її з Одеською семінарією), хоча у Луцьк продовжували подавати документи на навчання. Наша семінарія виявилася останньою, яку закрила радянська влада. Віднині в СРСР залишалося три духовні семінарії – У Москві, Ленінграді та Одесі (дві перші – разом із академіями).
Протягом 19 років існування ВДС (1945-1964) її закінчило 293 вихованці, які служили у всіх куточках Радянського Союзу та навіть за кордоном. Тут не враховані ті кілька десятків священиків, які через різні обставини не зуміли завершити повний курс навчання у Луцьку, але розпочали тут свою духовну освіту. На середину 1964 року із числа тих осіб, які закінчили ВДС за весь час її існування, у Волинській області на церковній роботі перебувало 34 людини, з яких 31 священик і 3 диякони.
Серед випускників ВДС – архієпископ Кіровоградський і Олександрійський Василій (Васильцев), архієпископ Кам’янець-Подільськиий і Городоцький Никанор (Юхимюк), керівник архіву та завідуючий мироварінням, відпущенням Святого Мира і антимінсів для єпархій Московської Патріархії архімандрит Трифон (Кревський), ректор ВДС та КДАіС протоієрей Петро Влодек. Викладали у Луцьку митрополит Полтавський і Кременчуцький Феодосій (Дикун), архієпископ Омський і Тюменський Мефодій (Мензак), архієпископ Віленський і Литовський Антоній (Варжанський), архієпископ Краснодарський і Кубанський Гермоген (Орєхов), видатний богослов Гермоген Шиманський.
Діяльність Волинської духовної семінарії було відновлено у жовтні 1990 року, коли Святіший Патріарх Алексій ІІ, за поданням єпископа Варфоломія (Ващука), благословив відкриття у Луцьку духовного училища, яке через рік отримало статус семінарії. Першим ректором став сам владика Варфоломій (Ващук).
Трагічні події відбулися у серпні 1992 року, коли прихильники тільки створеної УПЦ Київського Патріархату захопили комплекс Луцького Свято-Троїцького собору разом із приміщеннями Волинського єпархіального управління та Волинської духовної семінарії Української Православної Церкви.
Семінарія змушена була продовжити свою діяльність у маленькій сторожці біля Луцького Свято-Покровського храму. У 1993 році клопотанням єпископа Ніфонта (Солодухи), який очолив єпархію якраз після захоплення кафедрального Свято-Троїцького собору разом із семінарією, Волинська облдержадміністрація надала у безстрокове користування ВДС приміщення колишнього «Монастиря домініканів» по вул. Драгоманова, 26. Зусиллями вихованців були проведені внутрішні і зовнішні ремонтні роботи, адже приміщення було досить занедбаним. У цих стінах Волинська духовна семінарія продовжує діяти і зараз. У семінарії є домовий храм – святих рівноапостольних Кирила і Мефодія. При ВДС діють дворічні регентські курси та заочний сектор для священнослужителів.
Ректором Волинської духовної семінарії у вересні 1992 року став прот. Петро Влодек, який очолював її до 2006 року. Далі ректорами були: митрополит Ніфонт (2006-2010), протоієрей Сергій Ющик (2010-2012) та протоієрей Рустік Капауз (2012-2017).
Постановою Священного Синоду УПЦ від 27 травня 2017 року (журнал №12) новим ректором Волинської духовної семінарії було призначено архімандрита Євменія (Михалевського).